Kljub temu, da papež Frančišek zelo blagodejno vpliva na katoliško cerkev, v njeni zgodovini ni bilo le belih, ampak tudi črnih črt. Tu je deset najboljših škandalov, ki so izbruhnili v Vatikanu, od tajnih materialov do sojenja mrtvemu truplu.
- Janez XII je bil pri 18 letih izvoljen za naslednika Svetega sedeža. Kmalu je njegovo ime odjeknilo po vsem svetu: mladi papež je večkrat pritegnil pozornost javnosti zaradi svojega osebnega življenja, ki ga je veliko bolj zanimalo kot cerkvene zadeve. Seznam obtožb zoper Janeza je vseboval klavzulo, ki navaja, da je mladi papež klical demone, ubijal in mučil ljudi ter pogosto igral igralne igre. Nekateri zgodovinarji trdijo, da je imel Janez XII veliko spletk z poročenimi damami. Njegovo papeštvo se je končalo leta 964, ko je umrl zaradi srčnega napada, domnevno pa je preživel čas s katero od svojih ljubic.
- Zdi se, da je papež Sixtus IV v 1470-ih povsod »dozorel«. Imel je šest nezakonskih otrok, od katerih se je eden rodil zaradi odnosa s sestro. Omeniti velja, da je imel papež svoja načela. Cerkev je prinesel veliko denarja, tako da je pobiral davke od prostitutk. Še več, Sixtus IV je duhovnikom naročil, naj plačajo denar za pravico imeti ljubice. Papež pa je svoje ime v zgodovino lahko zapisal ne le zaradi svojega vročega osebnega življenja: Sikstinska kapela (Cappella Sistina) je bila poimenovana po njem.
- Papež Štefan VI je v svoji knjigi zapisal, da je maščevanje po smrti še posebej sladko. Morda je zato zahteval ekshumacijo trupla njegovega predhodnika papeža Formoze, da bi ga poslal na sodišče. Truplo pokojnega papeža so spoznali za krivico mnogih zločinov, vključno z navado, da se je predstavil kot nadškof, potem ko je bil odstavljen iz tega dostojanstva. Vendar se je papež Štefan po svojem dejanju soočil tudi s težko usodo: aretirali so ga in vrgli v zapor, kjer je leta 897 umrl.
- Kljub škandaloznemu puščanju tajnih dokumentov Katoliške cerkve leta 2012 je prvič vatikanski tajni zapis padel v roke javnosti leta 1869, ko je nemška publikacija objavila pogajanja papeža Pija IX z uradniki, kjer razpravljali o vplivu racionalizma, liberalizma in materializma.
- Eden največjih škandalov je v Vatikanu izbruhnil leta 2010 in je v času papeštva Benedikta XVI. Vrgel senco. Pred štirimi leti so novinarji izvedeli, da sta papežev pomočnik Angelo Balducci in Chinedu Thomas Ehiem, član zbora katedrale svetega Petra so bili vključeni v moško prostitucijo. Policija je ugotovila vpletenost Balduccija v ta primer pri prisluškovanju Eichemu, ki je bil vpleten v neposredno dostavo mladih uradniku. Trenutno so preiskovalci prepričani, da je skupaj z zborovodjo Baldui vsaj 10 srečanj z mladimi, vključno z manekenko in ragbijem.
- V začetku leta 2013 se je Vatikan spopadel z resnimi finančnimi težavami, ko je centralna banka Italije prenehala servisirati bankomati v Vatikanu, ker oblasti niso spoštovale vseh pravil za preprečevanje pranje denarja. Nezmožnost uporabe plastičnih kartic je Vatikan stala približno tri tisoč evrov na dan do 12. februarja, ko se je švicarska banka strinjala, da bo zagotovila stabilno delovanje prostih bankomatov.
- 28. junija 2013 je bil Nunzio Sczrano, nekdanji vodja računovodskega oddelka, aretiran skupaj s svojima dvema sostorilcema, nekdanjim vohunom in finančnikom. Predstavljen je bil tihotapljenja 20 milijonov evrovki ga je nosil v zasebnem letalu. Pozneje je odvetnik uradnika pojasnil, da njegova odvetnica noče priznati krivde. Ta škandal je prisilil k odstopu predsednika vatikanske banke in njegovega namestnika.
- 19. julija 1982 so na mostu Blackfriars našli truplo Roberta Calvija, znanega tudi kot "bankir božji". Predsednik banke Milana Ambrosiano (v kateri je Vatikan glavni delničar) obtožen nezakonitega izvoza posebej velikih zneskov v tujino. Moški je odletel v London, kjer so ga ubili, in takrat je ameriški nadškof, ki je bil prav tako vpleten v primer Calvi, dobil imuniteto.
- Katoliški duhovnik je obtožen pedofilije, aretirali zaradi obrekovanja, potem ko je izjavil, da v Vatikanu cveti gejevska prostitucija. Patricio Poggi je bil pridržan, potem ko so preiskovalci v svojih izjavah sumili laž. Podgy je pred tem trdil, da je za iskanje gejev odgovoren nekdanji policist.
- 23. maja 2012 je bila »desna roka« papeža Benedikta Paolo Gabriele aretirana zaradi prenosa zaupnih dokumentov Vatikana italijanskemu novinarju Gianluigi Nuzzi. Takoj je pohitel razkriti obstoj korupcije znotraj zidov VatikanaGabriele pa so kaznovali zaradi kraje. Oktobra 2012 je bil obsojen na 18 mesecev hišnega pripora.